Çoğu probiyotik için en uygun zaman yemekle birlikte ya da yemekten hemen önce almaktır. Mide asidi aç karnında daha güçlüdür ve bakterilerin bir kısmını öldürebilir. Biraz yağ içeren bir öğünle birlikte alındığında bakteriler bağırsağa daha canlı ulaşır. Bazı ürünlerde farklı bir öneri olabilir; bu yüzden kutusundaki kullanım şekline bakmak da önemlidir.
Antibiyotik kullanıyorsanız, bakteri içeren probiyotikleri antibiyotikten en az iki saat sonra almak önerilir. Bir maya probiyotiği olan Saccharomyces boulardii antibiyotikten etkilenmediği için antibiyotikle aynı dönemde rahatlıkla kullanılabilir.
Probiyotiğin saatinden de önemli olan, onu düzenli kullanmak ve ihtiyaca uygun olanı seçmektir. Örneğin histamin intoleransı olanlarda bazı bakteri türleri şikâyetleri artırabilir. Hangi probiyotiğin kime uygun olduğunu probiyotikler yazımda anlattım.